本PJで開発したソフトウェアに関する論文が 既に幾つも発刊されていますが、今回 タンパク質の話題 ルーレット配列を用いたタンパク質同定法と そのためのデータベースに関する論文が発刊されました。
タンパク質は、アミノ酸が鎖状に配列した構造をしています。この両話題 ルーレット部分は特異性が高く、「ほとんどのタンパク質は、両端の5～10個の配列が分かれば 唯一に決められる」といわれてきました。
本研究では、ヒトなど9生物種のプロテオームデータを用い、話題 ルーレット部分の特異性について網羅的な調査を行った結果、(タンパク質中央部分のみが異なるisoform等を除けば) 99％以上のタンパク質が アミノ酸5, 6個程度の話題 ルーレット配列だけで区別できる事が確認されました。
この結果に基づき、話題 ルーレット配列を入力すると 該当するタンパク質配列を検索し、1個に絞り込めない場合 話題 ルーレットアミノ酸をあと何個決定すれば唯一になるか 計算予測する機能を持った データベース”ProteinCarta”を作成し、昨年6月に公開しています。
本論文では、この調査結果の報告とデータベース機能を解説し、更に 本PJで開発されてきた 質量分析法を用いてタンパク質話題 ルーレット配列を決定する実験手法と組み合わせ、タンパク質を同定した実例を紹介しています。
Akiyasu C. Yoshizawa, Yuko Fukuyama, Shigeki Kajihara, Hiroki Kuyama, Koichi Tanaka
“Computational Survey of Sequence Specificity for 話題 ルーレットin Terminal Tags Covering Nine Organisms and Its Application to 話題 ルーレットin Identification”, Journal of 話題 ルーレットome Research, 2015, Vol.14, pp756–767
Koichi Tanaka Laboratory of Advanced Science and Technology
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